Le Guide CIR 2025 : repère indispensable… mais non opposable

1. Le rôle du Guide CIR 2025 dans le dispositif du Crédit d’Impôt Recherche

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) reste l’un des piliers du financement de l’innovation en France. Encadré par l’article 244 quater B du Code général des impôts, il permet aux entreprises de déduire une partie de leurs dépenses de recherche et développement.

Pour en faciliter la mise en œuvre, le Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR) publie chaque année un guide méthodologique. Le Guide CIR 2025 s’adresse à toutes les entreprises déclarantes, qu’elles soient PME, ETI ou grands groupes, et détaille la manière de constituer et présenter un dossier justificatif solide.

Mais un point essentiel demeure : ce guide n’a pas de valeur réglementaire. Le MESR le rappelle en préambule :

“Les précisions et explications apportées dans le guide du CIR sont dépourvues de valeur réglementaire et ne peuvent se substituer ni à une référence aux textes législatifs et réglementaires ni aux instructions fiscales applicables en la matière.”

En d’autres termes, le guide oriente, mais n’engage pas.

2. Un cadre juridique tripartite

2.1 La loi : socle juridique du dispositif

L’article 244 quater B du CGI fixe les critères d’éligibilité et les catégories de recherche : fondamentale, appliquée ou développement expérimental.

2.2 La doctrine fiscale : interprétation opposable

La doctrine BOFiP (BOI-BIC-RICI-10-10-10) constitue la référence opposable pour les entreprises et l’administration. Elle précise la manière dont la DGFiP interprète la loi, et s’impose à elle sur les points qu’elle a explicitement commentés.

2.3 Le guide CIR : référence méthodologique non opposable

Le Guide CIR complète ce triptyque en explicitant les attentes scientifiques et techniques des experts du MESR. Il n’a aucune portée réglementaire, mais il harmonise les pratiques et structure les justificatifs.

3. Les apports du millésime 2025

Le Guide CIR 2025 renforce la cohérence entre la démonstration scientifique et la justification financière des dépenses de R&D.
Les nouveautés portent principalement sur :

• la rigueur documentaire attendue,

• la qualification des activités “indispensables” à la R&D,

• et la clarification du rôle des prestataires et sous-traitants.

Parmi les principes réaffirmés :

• un état de l’art précis et daté pour situer la frontière de la connaissance ;

• des verrous scientifiques ou techniques clairement exprimés ;

• des hypothèses, méthodes et résultats documentés, y compris négatifs ;

• et une traçabilité complète entre travaux, ressources et dépenses.

4. Comment constituer un dossier CIR 2025 robuste

4.1 Identifier et décrire les opérations de R&D

Chaque projet doit être ventilé en opérations de R&D clairement identifiées : objectif, incertitude, verrous, livrables.

4.2 Construire un état de l’art solide

L’état de l’art sert à démontrer que le travail ne relève pas d’une simple amélioration, mais de la résolution d’une incertitude scientifique ou technique.

4.3 Documenter les verrous, hypothèses, méthodes et résultats

Une bonne pratique consiste à formuler chaque verrou, présenter les hypothèses, décrire la méthode et consigner les résultats. Les échecs font partie intégrante de la démarche R&D et doivent être documentés.

4.4 Assurer la traçabilité technico-financière

Chaque dépense (temps, achats, sous-traitance, prototypes) doit être reliée à une opération R&D. La cohérence entre le narratif scientifique et les dépenses chiffrées est cruciale.

4.5 Sous-traitance : démontrer la contribution à la R&D, même indirecte

La sous-traitance reste un volet sensible du dispositif : les dépenses confiées à un prestataire ne sont éligibles que si elles concourent directement à la réalisation d’opérations de R&D menées par l’entreprise déclarante (article 244 quater B du CGI ; BOFiP BOI-BIC-RICI-10-10-20-30, § 170 et s.).

Cela signifie que :

• les travaux réalisés par un prestataire agréé et relevant eux-mêmes de la R&D peuvent être intégrés ;

• mais également que certaines activités non R&D en soi (essais, mesures, fabrication de prototypes, collecte ou traitement de données, conception de bancs d’essai, modélisation, etc.) peuvent être valorisées, dès lors qu’elles sont indispensables à la résolution des verrous scientifiques ou techniques d’un projet éligible.

Le Guide CIR 2025 précise désormais ce cadre avec quatre critères cumulatifs permettant d’identifier une activité « indispensable à la R&D » :

1️⃣ Elle est réalisée dans le cadre d’une opération de R&D reconnue ;
2️⃣ Elle est en lien direct avec l’objet de la recherche ;
3️⃣ Elle est conduite par une équipe qualifiée ;
4️⃣ Elle produit un résultat inédit ou non disponible ailleurs.

Ces critères ne créent pas de nouvelles obligations : ils offrent une grille de lecture commune pour apprécier le caractère nécessaire d’une prestation au regard des travaux de R&D.

En pratique, la sécurisation passe par une documentation rigoureuse :

• des contrats ou cahiers des charges décrivant les objectifs techniques et les livrables ;

• des rapports, comptes rendus, livrables et preuves de collaboration ;

• une explication claire du lien de nécessité directe entre la prestation et l’opération de R&D.

Autrement dit : il ne suffit pas de montrer que le prestataire a travaillé pour un projet R&D ; il faut démontrer pourquoi, sans lui, le verrou n’aurait pu être levé.

5. Le paradoxe du Guide CIR : utile, mais non opposable

Le Guide CIR est un outil de référence, mais pas une source de droit.
Il reflète la position scientifique du MESR, non celle de la DGFiP.
Ainsi, un dossier conforme au guide peut être contesté fiscalement si les éléments n’entrent pas dans le cadre défini par la loi ou la doctrine.

Le rescrit CIR demeure le seul mécanisme permettant d’obtenir une prise de position formelle de l’administration sur un cas précis. Toutefois, il n’apporte qu’une sécurité relative : il lie l’administration sur les faits exposés, mais pas sur l’ensemble des opérations à venir.

En résumé :

• le guide éclaire,

• la loi cadre,

• la doctrine protège,

• et le rescrit confirme - dans la limite de sa portée.

6. Vers une sécurisation accrue des démarches R&D

Pour 2025, la clé réside dans une approche documentaire proactive :

1. Cartographier les opérations R&D dès le lancement des projets ;

2. Formaliser un état de l’art et des hypothèses techniques ;

3. Collecter en continu les preuves (notes, commits, tickets, rapports d’essai) ;

4. Structurer un dossier narratif clair et cohérent avec la comptabilité analytique ;

5. Évaluer la pertinence d’un rescrit sur les zones d’incertitude.

L’objectif : réduire l’incertitude fiscale sans freiner la dynamique d’innovation.

7. Conclusion

Le Guide CIR 2025 est un outil précieux pour comprendre les attentes de l’administration et améliorer la qualité documentaire des dossiers R&D. Mais il ne constitue pas un garde-fou juridique.

Les entreprises doivent continuer à s’appuyer sur la loi, la doctrine et la rigueur de leur démarche pour sécuriser leur crédit d’impôt.

Chez MSW Conseil, nous accompagnons les PME, ETI et grands groupes dans la structuration, la justification et la sécurisation de leurs dispositifs CIR et CII, en transformant la complexité administrative en levier de performance.