Crédit d’Impôt Recherche 2025 : un dispositif qui évolue, êtes-vous prêts ?

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR), qui représente chaque année près de 7 milliards d’euros de soutien à la R&D, a été modifié par la loi de finances 2025. Réduction du forfait de fonctionnement, fin du doublement pour les jeunes docteurs, exclusion de certaines dépenses : les règles évoluent. Cet article en décrypte les conséquences pour les entreprises et revient sur les pistes de réforme actuellement discutées.

9/22/20256 min read

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Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) reste un levier majeur pour financer l’innovation, mais la loi de finances 2025 en modifie plusieurs paramètres clés. Baisse du forfait de frais de fonctionnement, suppression de certains avantages, clarification des règles : autant de changements qui impactent directement la trésorerie et la stratégie des entreprises. PME, ETI ou grands groupes, il est essentiel d’anticiper pour sécuriser ses financements et transformer ces évolutions en opportunités.

Le CIR, un pilier du financement de l’innovation

Depuis plus de 40 ans, le CIR est l’un des principaux dispositifs fiscaux de soutien à la R&D privée. Chaque année, il représente entre 6,5 et 7,5 milliards d’euros de dépense fiscale pour l’État (Conseil d’analyse économique, 2022).
Pour les entreprises, il s’agit bien plus qu’un avantage fiscal : c’est un levier de trésorerie, un outil de compétitivité internationale et un facteur clé de décision pour investir en France.

Les principaux changements en 2025

La loi de finances pour 2025 (Loi n° 2025-127 du 14 février 2025, art. 55, Journal officiel du 15 février 2025) a introduit plusieurs ajustements applicables aux dépenses engagées à compter du 15 février 2025.
Ces évolutions sont détaillées dans le BOFiP-Impôts du 13 août 2025, qui constitue la référence opposable :

Forfait de frais de fonctionnement réduit : le taux appliqué aux dépenses de personnel R&D passe de 43 % à 40 %.
Suppression du doublement pour les jeunes docteurs : jusque-là, les dépenses liées à l’embauche en CDI de docteurs pouvaient être comptées pour le double de leur montant. Ce mécanisme est supprimé.
Exclusion de certaines dépenses : frais et amortissements de brevets, certificats d’obtention végétale et dépenses de veille technologique ne sont plus éligibles.
Clarification sur les subventions publiques : désormais, les aides versées par des organismes publics ou privés chargés d’une mission de service public doivent être déduites.

👉 Conséquence : pour 2025, certaines entreprises devront effectuer un double calcul (avant et après le 15 février).

Quels impacts pour les entreprises ?

👉 Pour les PME et ETI
Chaque point de pourcentage en moins sur le forfait représente des milliers d’euros de financement perdus. Dans un contexte de trésorerie tendue, sécuriser ses dossiers devient un enjeu vital pour préserver la capacité d’investissement.

👉 Pour les grandes entreprises
L’impact des réformes 2025 est souvent plus significatif en valeur absolue, pouvant représenter plusieurs millions d’euros. Si aucune obligation légale n’impose aujourd’hui de démontrer des retombées locales pour bénéficier du CIR, le sujet fait l’objet de débats récurrents.

En effet, plusieurs rapports publics (Cour des comptes, Conseil d’analyse économique, Sénat) ont souligné que l’effet du CIR est plus difficile à mesurer chez les grands groupes que chez les PME. Ils notent également que certaines entreprises continuent de bénéficier du dispositif tout en réduisant ou en délocalisant certaines activités de R&D.

C’est pourquoi des propositions de réforme ont émergé, visant à conditionner le CIR :

à des engagements en matière d’emploi ou de localisation de la R&D,
voire à un remboursement en cas de délocalisation des activités subventionnées (Rapport Sénat n°808, 2025).

👉 Autrement dit, le droit actuel reste neutre et horizontal (toutes les entreprises, tous secteurs confondus, peuvent en bénéficier si les dépenses sont éligibles), mais le débat public pourrait conduire à des évolutions ciblant davantage les grandes entreprises dans le futur.

Des débats en cours sur l’avenir du CIR

Au-delà des ajustements déjà votés, la question de l’avenir du CIR reste largement ouverte. Plusieurs institutions et parlementaires plaident pour une réforme plus structurelle, afin de renforcer son efficacité et de maîtriser son coût budgétaire :

Un recentrage vers les PME : le Conseil d’analyse économique recommande de réduire le seuil de dépenses éligibles à taux plein (aujourd’hui 100 M€) et d’augmenter parallèlement le taux pour les petites et moyennes entreprises, où l’effet incitatif est jugé plus fort (CAE, 2022).
Une conditionnalité accrue : le rapport du Sénat en 2025 propose de lier le bénéfice du CIR à certains engagements (emploi, maintien d’activités en France, transparence financière) (Sénat, 2025).
Un éventuel ciblage sectoriel : l’idée d’orienter le CIR vers des secteurs jugés stratégiques (transition écologique, souveraineté industrielle, technologies critiques) a également été évoquée, même si elle remettrait en cause le caractère “horizontal” du dispositif.

👉 Ces réflexions ne sont pas encore traduites dans la loi, mais elles traduisent une tendance de fond : celle d’un CIR plus ciblé, plus évalué et potentiellement plus conditionné dans les années à venir.

Comment agir dès maintenant ?

Face aux évolutions 2025 et aux débats en cours, plusieurs actions concrètes peuvent être mises en place dès aujourd’hui :

Sécuriser ses dossiers : avec la réduction du forfait et l’exclusion de certaines dépenses, l’administration fiscale sera plus vigilante. Disposer d’une documentation scientifique solide, bien tracer les dépenses et anticiper les contrôles permet d’éviter tout risque de redressement et de préserver au maximum son éligibilité.
Optimiser l’organisation de la R&D : la suppression du doublement jeunes docteurs ou des dépenses de propriété intellectuelle réduit l’assiette du CIR. Mais ces dépenses de PI peuvent être valorisées autrement, par exemple via le régime de l’IP Box, qui permet de bénéficier d’un taux d’imposition réduit sur les revenus issus de brevets et logiciels. Une bonne stratégie consiste donc à articuler CIR et IP Box de façon complémentaire, afin de maximiser le rendement global des investissements en R&D et en innovation.
Explorer d’autres financements : la contraction du CIR rend encore plus stratégique la mobilisation d’autres leviers (Bpifrance, France 2030, Horizon Europe). Ces dispositifs, parfois plus sélectifs, permettent de diversifier ses financements et de compenser la baisse d’intensité du soutien fiscal.
Valoriser ses impacts : même si aucune conditionnalité n’est inscrite dans la loi actuelle, le débat public évoque de plus en plus des contreparties (emplois, localisation, retombées environnementales). Mettre en avant ses contributions positives dès aujourd’hui (création d’emplois, partenariats académiques, formation) permet d’anticiper d’éventuelles futures exigences et de renforcer sa légitimité.

👉 Ces démarches permettent non seulement de sécuriser l’existant, mais aussi de préparer l’avenir, en adaptant sa stratégie de financement aux tendances de fond et en tirant parti de la complémentarité des dispositifs fiscaux.

Conclusion

Le CIR reste un atout décisif pour toutes les entreprises, mais il devient plus exigeant et plus scruté. Les évolutions de 2025 rappellent l’importance d’anticiper et de sécuriser sa stratégie de financement de l’innovation.

📩 MSW Conseil suit de près l’évolution des dispositifs tels que le CIR et met cette expertise au service des entreprises, afin de les aider à anticiper les évolutions et à renforcer leur compétitivité.

✅ Sources officielles :

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Questions fréquentes sur le CIR 2025

1. Quelles sont les principales nouveautés du CIR en 2025 ?

Depuis le 15 février 2025, le forfait de frais de fonctionnement appliqué aux dépenses de personnel R&D est abaissé de 43 % à 40 %. Le doublement des dépenses liées aux jeunes docteurs a été supprimé, et certaines dépenses (brevets, veille technologique) ne sont plus éligibles (BOFiP-Impôts, 13 août 2025).

2. Quelles entreprises peuvent bénéficier du CIR en 2025 ?

Toutes les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles soumises à l’impôt sur les sociétés ou à l’impôt sur le revenu, quel que soit leur secteur ou leur taille, peuvent en bénéficier si elles engagent des dépenses éligibles en R&D. Le dispositif reste neutre et “horizontal”.

3. Le CIR va-t-il encore évoluer dans les prochaines années ?

À ce jour, aucune nouvelle réforme n’a été votée. Toutefois, plusieurs pistes sont discutées (plafonnement renforcé, conditionnalité, ciblage sectoriel), notamment dans le cadre des travaux du Sénat et du Conseil d’analyse économique. Ces débats pourraient orienter les futures réformes.